第一步：找出定义关键词。

“运用物理学原理和方法”“通过检验确定物质的颜色、硬度、结构、比重、熔点、沸点、浓度、导电导热系数等物理属性”“显现肉眼看不见的痕迹特征”“对与案件有关的痕迹、物品进行鉴认、识别”。

第二步：逐一分析选项。

A项：选用试剂对被害人胃内容物进行分离、提纯，是运用了化学分析的原理和方法，不符合“运用物理学原理和方法”“通过检验确定物质的颜色、硬度、结构、比重、熔点、沸点、浓度、导电导热系数等物理属性”，不符合定义，排除。

B项：复原受害人被删除的手机信息，排查案件嫌疑人，是运用了技术手段进行分析，不符合“运用物理学原理和方法”“通过检验确定物质的颜色、硬度、结构、比重、熔点、沸点、浓度、导电导热系数等物理属性”，不符合定义，排除。

C项：使用天平称量案件中伪造文件的重量，符合“运用物理学原理和方法”“通过检验确定物质的颜色、硬度、结构、比重、熔点、沸点、浓度、导电导热系数等物理属性”，但采用试剂染色法检验纸浆的种类，主要是利用化学试剂与被检物中某些物质发生显色、沉淀或结晶反应的现象来进行检验，不符合“运用物理学原理和方法”，该项并不只是使用了司法物理鉴定手段，排除。

D项：利用不同波长光对衣物进行照射，观察颜色、透射率属于物理方法，符合“运用物理学原理和方法”“通过检验确定物质的颜色、硬度、结构、比重、熔点、沸点、浓度、导电导热系数等物理属性”“显现肉眼看不见的痕迹特征”，且检验的是受害者的衣物，符合“对与案件有关的痕迹、物品进行鉴认、识别”，符合定义，当选。

故正确答案为D。