第一步：找出题干矛盾。

某农村合作社购买的两台新型号收割机收割速度快，有助于减少收割过程中的粮食损失。但该农村合作社使用这两台收割机以来，其玉米收割总损失率较以往反而有所上升。

第二步：逐一分析选项。

A项：该项只是肯定了新型号收割机的收割速度快，不能解释为什么新型号收割机能够减少收割过程中的粮食损失，但该农村合作社使用这两台收割机以来，其玉米收割总损失率较以往反而有所上升，不能解释题干矛盾，排除。

B项：该项说的是两台收割机仅被用于收割部分田地的玉米，若是新型号收割机能够减少收割过程中的粮食损失，即使仅被用于收割部分田地的玉米，玉米收割总损失率较以往也不可能有所上升，不能解释题干矛盾，排除。

C项：该项说的是操作人员培训不到位，操作收割机时常出现失误，说明操作人员的失误是导致玉米收割总损失率较以往反而有所上升的原因，可以解释题干矛盾，当选。

D项：该项说的是玉米并不是当地种植的主要粮食作物，但不能解释为什么使用了有助于减少收割过程中的粮食损失的新型号收割机后，玉米收割总损失率较以往反而有所上升，不能解释题干矛盾，排除。

故正确答案为C。