第一步：找出论点和论据。

论点：相比普通蜜蜂，农田利用方式的改变对熊蜂的生存威胁更大。

论据：由于密集管理型农业系统的推广，熊蜂在这些地方开始衰落，有的种类已经灭绝，相对而言，普通蜜蜂的数量并没有明显减少。论点和论据都在讨论熊蜂生存情况和农田利用方式的关系，话题一致，加强优先考虑补充论据。

第二步：逐一分析选项。

A项：说的是蜜蜂和熊蜂的采食方式，与题干论点讨论的话题无关，无法加强，排除。

B项：说的是蜜蜂和熊蜂储存食物的习惯不同，出现食物短缺时，熊蜂更容易受到影响，但并未提及农田利用方式的改变是否会导致出现食物短缺的情况，与题干论点讨论的话题无关，无法加强，排除。

C项：说的是熊蜂因基因分异度降低，更易受到寄生虫感染而大量死亡，但并未提及农田利用方式的改变是否会加大寄生虫感染的风险，与题干论点讨论的话题无关，无法加强，排除。

D项：说的是密集型农田往往种植单一植物，如果植物不是处于花期，熊蜂因无法如蜜蜂般进行远距离飞行而岌岌可危，解释了农田利用方式的改变为什么更能威胁熊蜂的生存，解释原因，可以加强，当选。

故正确答案为D。