第一步：分析题干
题干推理规则为：
①小李通过了所有科目的考试
②小李说的不是事实

第二步：分析选项
①的推理规则：所有a都是b；矛盾命题：有些a不是b；
由②小李说的不是事实，则矛盾命题为真，即：有些科目没有通过。
有些表示“至少有一个”，即至少有一门没有通过。

故本题选A。
【2017-江西-108】